但是，同时有带来了如下几个问题：（1）、我国历来对土地、房屋等不动产的有严格的管理制度，应当说不能以办理了抵押登记手续，就与“经市、县人民政府土地管理部门批准”的规定划等号；（2）、《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》属于国家行政法规，国土资源局与最高人民法院无权以行政政策文件以及司法文件来修改国家行政法规，这样的作法不符合《立法法》；（3）刊登在2004年6月25日四川省国土资源厅〖国土资源-全国土地日专刊〗上的广西壮族自治区国土资源厅 陈书荣所著《解读土地使用权抵押相关问题》中，仍认为“划拨土地使用不能直接抵押”、应“符合《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十五条规定必须经市、县人民政府土地管理部门批准”，而压根没有提及国土资源部的国土资发[2004]9号文；（4）、从维护国家土地的立场出发，《关于土地使用权抵押登记有关问题的通知》 “以划拨土地使用权抵押的，提交土地管理部门确认的抵押宗地的土地使用权出让金额的证明”这一规定表明了应当确定了出让的划拨土地使用权方可抵押。
　　3、法律规定不能抵押的土地所有权、使用权。
　　《担保法》第三十七条　下列财产不得抵押：
　　（一）土地所有权：
　　（二）耕地、宅基地、自留地、自留山等集体所有的土地使用权，但本法第三十四条第（五）项、第三十六条第三款规定的除外；
　　（三）学校、幼儿园、医院等以公益为目的的事业单位、社会团体的教育设施、医疗卫生设施和其他社会公益设施；
　　（四）所有权、使用权不明或者有争议的财产；
　　（五）依法被查封、扣押、监管的财产；
　　（六）依法不得抵押的其他财产。
　　根据上述规定不能抵押的土地所有权或使用权，即便是当事人签订了抵押合同也是无效的。
　　4、土地使用权与地上建筑物一致的原则
　　《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第三十三条　土地使用权抵押时，其地上建筑物、其他附着物随之抵押。地上建筑物、其他附着物抵押时，其使用范围内的土地使用权随之抵押。
　　所以当地上有建筑物、其他附着物时，不可能进行单纯的土地使用权抵押或房屋产权抵押，而必须土地与地上有建筑物、其他附着物同时抵押，并按照规定分别办理土地使用权抵押登记和房产抵押登记。
　　由于我国目前房屋产权抵押登记与土地使用权抵押登记分别属于两个不同的行政机关，因此在事实上形成了两物权抵押登记的分离。这里所说的分离不是指登记的机关与方式造成抵押登记的分离，而专指当事人对房屋与土地两个物权作了实质性的分离抵押，而未遵守土地使用权与地上建筑物一致的基本原则。这一点，也许是抵押当事人的而实际经济活动中允许分别抵押而自然形成、经营活动需要而形成的故意；也许是两登记机关无暇顾及；但由于两登记行政机关职权范围而形成这种实际分离格局是其实质原因。
　　除《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》外，《城市房地产管理法》第31条规定：“房地产转让、抵押时，房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权同时抵押。”第47条规定：“依法取得的房屋所有权连同该房屋占用范围内的土地使用权，可以设定抵押权。”《担保法》第36条“第三十六条 以依法取得的国有土地上的房屋抵押的，该房屋占用范围内的国有土地使用权同时抵押。
　　以出让方式取得的国有土地使用权抵押的，应当将抵押时该国有土地上的房屋同时抵押。
　　乡（镇）、村企业的土地使用权不得单独抵押。以乡（镇）、村企业的厂房等建筑物抵押的，其占用范围内的土地使用权同时抵押。”明确规定了“三个同时抵押”。
　　《划拨土地使用权管理暂行办法》第十一条规定：“转让、抵押土地使用权，其地上建筑物、其他附着物所有权随之转让、抵押；转让、抵押地上建筑物、其他附着物所有权，其使用范围内的土地使用权随之转让、抵押。但地上建筑物、其他附着物作为动产转让的除外。”