实践中，也有债权人以改制没有经过相应的批准和登记手续而要求宣告改制无效的情况。对此也应该严格按照《合同法》的有关规定处理。在债权债务纠纷案件中，核心是解决债务的承担问题，不应在债务纠纷的诉讼中否认改制的效力。对于一些确需经有关职权部门批准才生效的改制合同，只要当事人补办审批手续的，都可以认定改制合同有效，并按规定确认改制后债务承担的主体。而对于工商登记手续的办理，则属于履行改制合同的外在表现形式。即使工商机关没有进行相应登记，只要实际已经完成改制，也应当按改制合同实际履行的情况来认定改制已经完成，不能仅凭缺少登记就认为改制没有履行，更不能因此认为改制无效。
三、在处理改制与保护债权人利益之间的关系时，要严格执行企业法人财产原则，坚决纠正借改制逃债的行为。
一些企业在改制时往往把主要精力放在如何盘活企业资产，解决职工安置等问题方面，对于原企业的债务如何承担重视不够，有的甚至是故意漠视债权人的合法权益，再加上对与改制相关的法律程序没有充分的理解，从而导致因债务承担问题产生的法律纠纷大量出现，占了改制纠纷的绝大部分。
企业的财产是企业对外承担民事责任的担保，也是企业在市场上从事经营活动的基本条件。企业法人应该以自己的财产独立对外承担民事责任，在经过依法清算之前，不得将企业的财产擅自收回、隐匿或转移。国企改制是对国有资产的一次优化配置，其中必然要调整原企业财产的权属关系。财产的权属发生了变化，原企业对外承担民事责任的能力也相应改变，有些企业的法人资格也会因此而消亡，如果债务的承担主体不相应改变，债权就会落空，债权人的合法权益就得不到保障。这一点就是产生纠纷的主要源头，一些企业也是利用了这一点故意不考虑原企业债务在改制后如何承担的问题，将债务留给原企业来负担，从而达到逃债的目的。
最高人民法院《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》中就特别强调了企业法人财产原则，并由此引申出了债权债务继承原则和债务随企业财产变动原则。凡原企业法人因改制而消灭的，原企业的债务由改制后的企业承担；若在改制的过程中原企业的资产转移到新公司的，对原企业的债务也要随资产的变动转由新公司来承担。这一原则的确立是对我国法人制度的进一步完善，其中包含了若干法人人格否认以及营业转让理论的内容，如该司法解释第24条、25条之所以要规定由买受人来承担原企业的债务，其理论基础就是源于买受人与原改制企业的财产混同；再如司法解释第35条规定控股企业因抽逃资金、逃避债务，致被控股企业无力偿还债务的，被控股企业的债务要由控股企业承担，则是对“揭开公司面纱”理论的直接运用。通过这一系列的规定，防止了借法人有限责任制度逃债的行为，弥补了我国现行法人制度的不足，也为国企改制纠纷中如何保护债权人利益的问题提供了解决方案。
在审判实践中，一些企业在工商登记上手续不规范，如兼并完成后并不注销原企业，而是直接将原企业变更为兼并方的子公司或控股公司；有的注销原企业后成立的新公司又沿用了原企业的名称，并使用原企业的财产，给债权人主张权利带来障碍；有的企业在兼并完成后，还用已经被注销的企业名称继续对外发生业务往来，与债权人达成还款协议，致使债权人催债无门。这些案件中，工商登记内容与企业改制的实际情况不符，有的甚至是利用工商登记的不规范来逃避债务。因而，从保护债权人合法利益的角度出发，在认定改制的实施状态时，应尊重企业改制的客观过程，不论兼并后是否办理了原企业的注销登记，都应当视为被兼并企业法人资格已经实质性消亡，如果兼并属于吸收式合并的，都要由兼并方以其自身的财产，包括其在子公司的股权来承担原企业对外的债务。
另外，很多企业在改制时法律意识淡漠，不通知债权人就将企业的资产和负债任意分配；还有的企业在进行股份制改造时更是只分财产，不管债务，并且对财产上原来已经设定的他项权也置之不理，通过有关登记机关擅自予以涂销，导致债权人向原企业主张债权时的权利落空，增加债权人的诉讼成本。在处理这类案件时，特别要注意对债权人利益的保护，但也要区分遗漏债务和故意逃债的情况。对于改制时遗漏债务的，要根据债权人是否在公告期内申报过债权分别由买受人或原企业资产管理人来承担原企业的债务；而对于企业借改制故意逃债，特别是以原企业优质资产成立新公司，而将债务留给原企业承担的，就要由新公司在接收财产的范围内与原企业承担连带责任。至于改制过程中擅自涂销物权登记的行为虽然属于登记机关的行政行为，但在民商事案件的审判中也可以对这种违法的登记行为不予认可，在个案审理时确认涂销登记的行为无效，认定合法的权属关系，债权人仍然应有权对原企业的财产行使他物权。

在国企改制中还出现了一种特殊类型，就是企业以内部的某个职能部门或分支机构为单位设立独立法人，并用原企业的厂房和设备出资，形成“厂中厂”。原企业将其负债资产（而非净资产）与债务剥离后投入到新成立的企业作为资本，从而大大降低了原企业法人的偿债能力。对于这种“厂中厂”的情况，我们认为，其性质实际上就是用一个企业的优质资产设立新的公司而将债务留给原企业的逃债行为，所以，如前所述应由新公司在接受财产的范围内与原企业对债务承担连带责任。
目前，我国的国企脱困已经进入了最后的攻坚阶段，“十六大”报告强调，要深化国有企业改革，进一步探索公有制特别是国有制的多种有效实现形式，大力推进企业的体制、技术和管理创新。由此可见，国企改制必将继续进行下去，而且以后的改制将进一步纳入法制的渠道。依法改制，才能逐步减少改制中的纠纷，形成一个健康的市场环境，为迈向新型工业化道路，全力建设小康社会打下坚实的基础。