2、缺乏专门机构。当前的打击涉税犯罪工作，自上而下缺乏一套专门管理打击涉税犯罪，专司涉税犯罪案件的查处、移送、起诉等活动的专职机构。目前作为打击涉税犯罪工作专职机构的“打涉办”的机构设置、职责范围、执法主体资格、经费来源、文书使用等问题，上级没有明确规定或规定不清。如各级“打涉办”的设立，省级局归属征管科代管，市级局虽设立但只有税务人员，有的地区就没设立，县级局只是和公安机关联合办案，有些县级局虽设立但只有税务人员唱“独角戏”，使“打涉办”有名无实，形同虚设。虽然新的税收征管法实施细则明确规定：稽查局专司偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案的查处。但税务机关由于受其职责、权限、手段等诸多因素制约，稽查取证、案件审查、起诉等工作存在许多困难，依靠稽查局来打击各种涉税犯罪工作举步维艰。另外，偷税罪的法定起刑绝对数额标准（1万元）和相对数额标准（10%、30%）指一个纳税年度中各种税偷税总额、各种税偷税总额与该纳税年度应纳税总额的比例，偷税总额和应纳税总额包括国地各税。国地税分设两个稽查机构，但对纳税人进行检查时国地税一般不同步进行，互不沟通联系，偷税总额和应纳税总额就很难完全统计，从而可能使犯罪人员有可乘之机，也有可能夸大纳税人的犯罪事实。

（二）税务机关执法方面存在问题。对一个涉税犯罪案件的查处来说，税务机关的前期稽查起着至关重要的作用，它关系着犯罪案件能否顺利被移送、起诉、审判，能否依法追究犯罪人员的刑事责任②。但在实际工作中，税务机关的前期稽查工作与法律法规的要求还存在一定的距离。主要表现在以下三个方面：

1、文书使用不规范，缺乏证据意识。现行的税收法律对每一个执法环节都规定有相应的执法文书。这些文书不仅是检验税务人员是否正确执法的凭证，更是税务机关在行政复议、行政诉讼中最直接、最有力的执法证据。而案件检查前期阶段所使用的文书不甚规范为今后解决涉税问题埋下隐患。具体表现：（1）下发税务文书不齐全。依据《税收征管业务规程》，税收执法时，应向纳税人下发有关文书。实际工作中，还存在缺少文书现象。如：调查询问纳税人前无“询问通知书”、处罚前无“税务行政处罚事项告知书”、下发文书无“税务文书送达回证”等。（2）税务文书格式不统一，新旧文书混合使用。（3）文书下发时间错乱。如同时下达两种文书，或时间上无间隔或间隔短，造成纳税人根本无时间享有权利，或者给纳税人履行义务造成困难。（4）取证资料不规范。一是取得的证据不甚规范。如复印材料未注明复印件的出处及当事人的签字盖章，或者虽然盖了章，但是单位内部的财务印章；二是存在对被查人或证人引供、诱供现象。这种证据的合法有效性不强，不符合法定的取证要求，经不起法庭的调查。

2、重主观臆断，轻执法程序。近几年税务行政诉讼案件中，据统计有35%是税务机关败诉，分析其原因，许多案件就是败在执法程序上。合法的具体行政行为必须“证据确凿，使用法律法规正确，符合法定程序”。在案件查办过程中，许多基层单位和税务人员不重视税收执程序，凭感觉和经验办事，随意简化税收执法手续，程序缺省、程序前后倒置、程序同步现象普遍存在，尤其是对于所作的具体行政执法行为的依据和理由，在“税务处理决定书”中应当写明的却没写明，应当告知相对人的却不告知；按程序要求应当填写“税务处理决定书”的，却以“税务检查报告”或以罚款缴款书来代替；对于一些税务违章行为，进行行政处罚应当告之纳税人陈述权、申辩权、听证权力的不告之，严重侵犯和剥夺纳税人应该享有的合法权利，造成执法失误。③

3、违法乱纪现象存在。违法乱纪现象存在是困扰打击涉税犯罪的重要原因之一。在案件查办过程中，办案人员玩忽职守徇私舞弊，不征或少征应征税款，办“人情案”、“关系案”，把个人行为凌驾于法律之上，一人说了算，致使该移交机关追究刑事责任的案件不移交，以补代罚、以罚代刑、内部消化、该免的不免，该罚的不罚；有的擅自变通税法，改变法定的税基、税率、处罚标准；有的权限范围掌握不准确，越权处罚等等。应当说，某些案件得不到彻底的查处，处理不到位，使犯罪分子逍遥法外，是与少数办案人员不严格执法、徇私情、办关系案、办人情案、不敢碰硬、不敢动真格、不坚持依法办案有着直接的关系。